La Direction Générale est organisée en huit départements à savoir :

• Département des Finances ;
• Département de la Gestion des Risques ;
• Département de l'Audit et de l'Inspection ;
• Département des Investissements ;
• Département du Capital Humain, des Systèmes d'information et des Moyens Généraux ;
• Département de l'Organisation de la Stratégie et de la Qualité ;
• Département des Consignations, Déconsignations et Produits en développement ;
• Département des Affaires Juridiques ;